En 1998, abre sus puerta el Museo de la Ciudad como un espacio de encuentro para el diálogo, la reflexión y el debate intercultural e intergeneracional, a través de las diferentes temáticas desarrolladas en sus exposiciones y de la programación artística y cultural anual. Además, aporta al desarrollo de las comunidades y promueve el reconocimiento y revalorización de los patrimonios culturales vivos del Distrito Metropolitano de Quito.
El Museo de la Ciudad ocupa las instalaciones del Antiguo Hospital San Juan de Dios, el edificio civil más antiguo de Quito, institución que funcionó por más de 400 años, desde 1565 hasta 1974, como hospital y espacio de acogida. El antiguo hospital San Juan de Dios fue restaurado y en 1998 se rehabilitó para convertirse en uno de los museos más importantes del país y cuya edificación cumplirá 450 años en 2015.
En sus instalaciones, mantiene una exposición permanente sobre los procesos sociales e históricos de la ciudad. Además, cuenta con espacios abiertos al público donde se afianza la relación con las comunidades. Una invitación para vivir una nueva experiencia en cada visita.